Il Kenya prende il nome da una montagna omonima. Il popolo Kikuyu, che viveva intorno all'attuale Monte Kenya, si riferiva ad esso come "Kirinyaga" o "Kerenyaga", che significava montagna bianca a causa della sua cima innevata. Il monte Kirinyaga, che era il principale punto di riferimento, divenne sinonimo del territorio che gli inglesi in seguito rivendicarono come loro colonia. Tuttavia, il nome "Kenya" nacque dall'incapacità degli inglesi di pronunciare correttamente Kirinyaga.

Le prime persone a stabilirsi in Kenya furono le comunità indigene africane che migrarono da varie parti del continente. Altri visitatori furono commercianti, esploratori e turisti che arrivarono da varie parti del mondo come Portogallo, Arabia, Impero Romano, India e Grecia. Essi visitarono principalmente la costa dell'Africa orientale a partire dal primo secolo d.C. Mentre la maggior parte dei visitatori tornarono ai loro paesi, alcuni si stabilirono e si sposarono con membri delle popolazioni locali dando origine a una nuova cultura swahili lungo la costa. La base della civiltà dell'artigianato, dell'agricoltura, della pesca e del commercio internazionale ha dato origine a città-stato costiere come Siu, Pate, Lamu, Malindi, Gede, Mombasa e Vanga. Furono introdotti anche l'Islam e la lingua Kiswahili. I commercianti d'oltremare portarono oggetti come vestiti, perline, vini, armi di ferro, porcellana e artigianato. Questi venivano scambiati con avorio, legname, oro, rame, corna di rinoceronte, pelli di animali e schiavi.

La prima grande presenza europea in Africa orientale iniziò con l'arrivo dei portoghesi nelle acque dell'Africa orientale nel 1498, quando la flotta di Vasco Da Gamas fece le sue prime incursioni nel suo viaggio verso le Indie orientali. Durante il primo viaggio i suoi unici negoziati furono con il sovrano di Malindi e, in effetti, per i successivi cento anni questa alleanza fu la base della rete portoghese nella regione. La loro determinazione nel voler controllare e dominare il redditizio commercio dell'Oceano Indiano, la conquista di diverse città-stato lungo la costa e l'affermazione del loro dominio, durò 200 anni.

La presenza portoghese fu comunque disprezzata e contrastata e ci furono molte insurrezioni contro i portoghesi. Per esempio, il 16 agosto 1631, il Sultano arabo di Mombasa chiamato Dom Jeronimo Chingulia entrò nella cittadella portoghese di Fort Jesus con una banda di seguaci attraverso il passaggio degli Archi. Uccise il capitano portoghese, Pedro Leitao de Gamboa, e poi diede il segnale ai suoi seguaci fuori dal Forte di dare fuoco alle case portoghesi nella città. Non ci fu una resistenza significativa e nel corso delle due settimane successive tutti i portoghesi furono uccisi. I portoghesi furono infine cacciati dalle città costiere dai patrioti locali, aiutati dagli arabi omaniti. Per assicurarsi che i portoghesi non tornassero, il Sultano Seyyid Said di Oman spostò la sua capitale a Zanzibar e governò l'intera costa dell'Africa orientale fino all'instaurazione del dominio britannico.

La corsa alle colonie in Africa tra i paesi europei raggiunse il culmine nel 1884, quando fu convocata la Conferenza di Berlino per dividere l'Africa tra i coloni europei rivali. Tra le acquisizioni britanniche c'era la terra che oggi chiamiamo Kenya. Una compagnia commerciale britannica, la Imperial British East Africa Company, fu istituita e incaricata di amministrare il Kenya sotto il nome di Protettorato dell'Africa Orientale Britannica.

Quando ci si rese conto che la compagnia non poteva contenere le comunità ostili del Kenya, i britannici dichiararono il paese colonia e protettorato il 1° luglio 1895 e inviarono il primo governatore, Sir Arthur Hardinge, per stabilire una formale amministrazione britannica. Tra queste politiche spicca la discriminazione razziale. Un'enorme terra fertile fu alienata per l'insediamento dei bianchi, e furono emanate dure leggi sul lavoro per costringere gli africani a lavorare a bassi salari nelle fattorie dei coloni e nelle opere pubbliche. Inoltre, la partecipazione politica degli africani fu confinata al governo locale; fu contro questo scenario che i movimenti di protesta africani iniziarono seriamente a partire dai primi anni '20.

Diverse associazioni politiche, tra cui la Young Kikuyu Association, la East African Association, la Young Kavirondo Association, la North Kavirondo Central Association e la Taita Hills Association, furono formate per articolare le lamentele degli africani contro il lavoro forzato, i bassi salari, la pesante tassazione, la continua alienazione della terra e la discriminazione razziale. Nel 1944, fu formato il primo partito nazionalista a livello nazionale, Kenya African Union (KAU). E nello stesso anno il primo africano, Eliud Mathu, fu nominato nel Consiglio Legislativo dominato dai coloni. L'insoddisfazione per il lento cambiamento politico ed economico portò al collasso della legge e dell'ordine nei primi anni '50, e nel 1952 il governatore Sir Everlyn Baring dichiarò lo stato di emergenza in seguito allo scoppio della ribellione Mau Mau, le cui principali rimostranze includevano l'alienazione della terra, la discriminazione razziale e la mancanza di progresso politico.

Lo stato di emergenza, tuttavia, intensificò la determinazione politica per l'indipendenza, costringendo il governo coloniale a presentare proposte costituzionali. Secondo la costituzione Lyttleton del 1954 agli africani fu permesso di eleggere direttamente i loro rappresentanti al Consiglio Legislativo. Le elezioni si tennero nel 1957 e furono eletti otto leader africani: Ronald Ngala, Tom Mboya, Daniel arap Moi, Mate, Muimi, Oginga Odinga, Oguda e Muliro. Essi intensificarono il fermento per una rappresentanza più ampia e per l'indipendenza. Dopo notevoli discussioni, si decise di formare un'organizzazione di massa per mobilitare il popolo per porre fine al colonialismo, da qui la nascita del Kenya African National Union, (KANU). Il KANU fu formato nel marzo 1960, nella città di Kiambu, e l'11 giugno 1960 fu registrato come società politica di massa. Ma quando l'obiettivo della libertà divenne evidente, molte delle comunità più piccole temevano la dominazione dei gruppi etnici più grandi, e il 25 giugno 1960 formarono la Kenya African Democratic Union (KADU). La prima elezione su un ampio registro elettorale si tenne nel 1961 e fu vinta dal KANU. In un'altra elezione nel maggio 1963, il KANU catturò 83 dei 124 seggi della Camera dei Rappresentanti e formò l'amministrazione Madaraka il 1º giugno 1963, e il Governo di Indipendenza il 12 dicembre 1963, sotto Mzee Jomo Kenyatta.

Il primo governo del Kenya indipendente dovette immediatamente affrontare alcuni pressanti problemi economici e politici. Le priorità erano l'accelerazione della crescita, la kenianizzazione dell'economia e la ridistribuzione dei redditi. Niente di tutto ciò, tuttavia, poteva essere raggiunto senza stabilità politica, e si sentì innanzitutto la necessità di neutralizzare quegli elementi nel paese che sostenevano politiche estreme e che stavano minando, piuttosto che costruendo, la fiducia nella nuova nazione.

Così, il Kenya ha intrapreso la strada della pace e della stabilità, che ha reso possibile al paese di realizzare grandi passi avanti nello sviluppo. Alla morte di Jomo Kenyattas il 22 agosto 1978, Daniel arap Moi ha assunto la leadership. Si è ritirato il 30 dicembre 2002 in linea con una disposizione costituzionale che limita il mandato presidenziale ad un massimo di 10 anni di 5 anni ciascuno. Questa disposizione è entrata in vigore nel 1991 in seguito alla reintroduzione del multipartitismo. In precedenza il Kenya era uno stato a partito unico.

Mwai Kibaki ha preso il posto di Moi il 30 dicembre 2002 per diventare il terzo presidente del Kenya. Kibaki e la sua Coalizione Nazionale Arcobaleno (NARC) hanno vinto con una valanga di voti nelle elezioni generali del 27 dicembre 2002, mettendo così fine al dominio quarantennale del KANU.

Nel dicembre 2007, il presidente Kibaki sotto il Partito di Unità Nazionale (PNU) si è candidato per la rielezione contro il principale candidato del partito di opposizione, Raila Odinga, del Movimento Democratico Arancione (ODM). Dopo il risultato di queste elezioni, è stato formato un governo di grande coalizione in cui Raila Odinga è diventato il primo ministro. Il 4 agosto 2010, si è tenuto un referendum costituzionale in cui una nuova Costituzione è stata adottata dalla maggioranza degli elettori kenioti. La nuova Costituzione è stata promulgata il 27 agosto 2010.

Il presidente Uhuru Kenyatta è il quarto e attuale presidente del Kenya, in carica dal 9 aprile 2013. Questo dopo le elezioni generali del 4 marzo 2013 e la conferma di queste elezioni da parte della Corte Suprema il 30 marzo 2013. L'elezione di Uhuru Kenyatta e del suo collega, William Ruto, era stata contestata dall'ex primo ministro Raila Odinga, che è arrivato al secondo posto.